Cha ông là Ngô Thì Sĩ (1726 - 1780) đỗ Hội nguyên Hoàng giáp, làm quan thời Lê - Trịnh đồng thời là nhà sử học và nhà thơ. Khi là Tham chính Nghệ An, khi làm Đốc trấn Lạng Sơn (đúng vào lúc Ngô Thì Nhậm được bổ làm Đốc đồng Kinh Bắc kiêm Đốc đồng Thái Nguyên. Hai cha con ông làm quan to tại 3 trong 4 trấn quan trọng nhất quanh kinh đô Thăng Long). Các em của Ngô Thì Nhậm đều học giỏi đỗ cao. Em rể ông là Phan Huy Ích, một trí thức nổi tiếng thời Tây Sơn.
16 tuổi, Ngô Thì Nhậm đã soạn quyển Nhị thập thất sử toát yếu. Năm 1765, ông đậu kỳ thi Hương, tiếp đến năm 1768, ông đỗ khoa sĩ vọng, được bổ chức Hiến sát phó sứ Hải Dương. Công việc trước tác và sáng tác của ông thực sự bắt đầu từ giai đoạn này.
Năm 1771, Ngô Thì Nhậm hoàn thành quyển Hải Đông chí lược, nghiên cứu mọi mặt về lịch sử và đời sống của vùng Hải Dương. Năm 1775, Ngô Thì Nhậm đi thi hội, đỗ thứ năm hàng tiến sĩ đệ tam giáp, được bổ Cấp sự trung bộ Hộ.
Năm 1776, được thăng Giám sát ngự sử đạo Sơn Nam, rồi thăng Đốc đồng trấn Kinh Bắc, năm sau lại kiêm luôn Đốc đồng Thái Nguyên. Năm 1779, Ngô Thì Nhậm chuyển sang làm Hiệu thư ở tòa Đông Các.
Làm án sát Hải Dương rồi làm Đốc đồng hai trấn Bắc Ninh và Thái Nguyên, ông đã tỏ ra là một thanh niên lỗi lạc, văn võ kiêm toàn.
Sau khi đỗ tiến sĩ, Ngô Thì Nhậm đã được chúa Trịnh tin dùng. Vì lòng trung thành với chúa Trịnh và trước hết là lòng trung thành với tổ quốc và với nhân dân, mà Ngô Thì Nhậm dám nói thẳng với chúa Trịnh về những sai lầm trong chính sách của triều đình.
Năm 1782, Trịnh Sâm mất, kiêu binh phế Trịnh Cán lập Trịnh Tông lên ngôi chúa. Thấy tình hình Thăng Long phức tạp, Ngô Thì Nhậm bỏ về sống ở quê vợ, vùng Sơn Nam, trong vòng 6 năm. Ông đã hoàn thành tác phẩm khảo cứu Xuân Thu quản kiến và tập thơ Thủy vân nhàn vịnh trong thời gian này.
Năm 1786, Nguyễn Huệ ra Bắc đánh đổ nhà Trịnh rồi trả lại đất nước cho vua Lê, Ngô Thì Nhậm vẫn giữ thái độ độc lập, vẫn tiếp tục lánh đời và từ chối mọi lời mời gọi.
Nguyễn Huệ ra Bắc lần thứ hai và trong một thời gian rất ngắn, vị anh hùng này đã bộc lộ tài năng và khí phách trong việc phù Lê diệt Trịnh, rất xứng đáng là người ông vẫn mong mỏi và chờ đợi.
Ông đến với Nguyễn Huệ và tin tưởng rằng việc làm của mình là đúng, điều này khác hẳn với các sĩ phu đương thời.
Tượng thờ Ngô Thì Nhậm tại Đền thờ Tây Sơn Tam kiệt ( Bình Định)
Năm 1788, Quang Trung và Ngô Thì Nhậm đã có một cuộc gặp gỡ kỳ diệu giữa người trí thức lỗi lạc với người anh hùng kiệt xuất. Có thể nói Ngô Thì Nhậm là người duy nhất đã hiểu rõ Quang Trung, và Quang Trung cũng là người duy nhất đã hiểu hết được tài năng và phẩm chất của Ngô Thì Nhậm. Khi đó, các sĩ phu đương thời chê trách Ngô Thì Nhậm đã ít nghĩ đến vua Lê mà chỉ hết lòng với chúa Trịnh, sau lại bỏ cả Lê, Trịnh mà theo Tây Sơn như thế là bất trung. Người ta phủ nhận những cống hiến vĩ đại của Ngô Thì Nhậm đối với tổ quốc, với nhân dân; coi đó chỉ những hành động xu thời. Bỏ qua những lời đả kích ấy, Ngô Thì Nhậm đã kiên quyết đi con đường của mình và trung thành với vua Quang Trung. Vua Quang Trung đã phong Ngô Thì Nhậm là Tả thị lang bộ Lại, nghĩa là phụ trách toàn bộ công việc tổ chức và cán bộ trong nội bộ của mình. Ngay buổi đầu, Ngô Thì Nhậm đã lập tức gọi em rể là Phan Huy Ích viết thư cho bạn là Trần Bá Lãm, giới thiệu một loạt trí thức có tài, có đức về với Quang Trung. Ngô Thì Nhậm là người đã soạn “Chiếu cầu hiền” cho vua Quang Trung để chiêu hiền mộ sĩ. Các nhà sử gia đánh giá rất cao bản "Chiếu cầu hiền” này. “Chiếu cầu hiền” là công văn nhà nước lệnh cho thần dân thực hiện nhưng rất khác với các bài chiếu thông thường, đối tượng thực sự trong “Chiếu cầu hiền” là các trí thức, các bậc hiền tài lương đống của dân tộc. Bài “Chiếu cầu hiền” của Ngô Thì Nhậm không chỉ cho thấy tác giả uyên bác, cao tay trong sáng tạo văn bản nghị luận chính trị - xã hội, trong việc phát ngôn đại diện cho vua Quang Trung chiêu hiền đãi sĩ mà còn khắc đậm lòng khao khát cầu hiền đãi sĩ của vị vua trẻ - “áo vải cờ đào” đại phá quân Thanh. “Chiếu cầu hiền” không chỉ cho chúng ta thấy tư tưởng tiến bộ của vua Quang Trung trong việc sử dụng người hiền tài mà còn cho thấy cái tài trong nghệ thuật viết chiếu của Ngô Thì Nhậm. Hiện nay, tác phẩm “Chiếu cầu hiền” đã được đưa vào giảng dạy chính thức trong trường Trung học phổ thông, chương trình cơ bản, SGK lớp 11.
Không chỉ vậy, Ngô Thì Nhậm còn là một nhà giỏi sách lược.
Cuối năm Mậu Thân (1788) do vua Lê Chiêu Thống cầu viện, 29 vạn quân Thanh kéo sang Đại Việt, với chiêu bài diệt Tây Sơn dựng lại nhà Lê. Ngô Thì Nhậm đã có kế lui binh về giữ phòng tuyến Tam Điệp - Biện Sơn (Ninh Bình). Cuộc rút quân về Tam Điệp là một sách lược kiệt xuất nói lên trình độ mưu trí và cực kỳ sáng tạo của Ngô Thì Nhậm. Lúc đó các tướng võ như Ngô Văn Sở, Phan Văn Lân chỉ có biết đánh, còn Nguyễn Văn Dụng thì chỉ muốn lặp lại kinh nghiệm của Lê Lợi ngày xưa là mai phục. Ngô Thì Nhậm đã bác bỏ cả hai ý kiến đó, so sánh lực lượng của hai bên, vạch ra sự khác nhau cơ bản của hoàn cảnh lúc bấy giờ và hoàn cảnh của thời Lê Lợi khi xưa, nêu lên ý nghĩa của “toàn quân rút lui không bị mất một mũi tên, cho nó ngủ trọ một đêm rồi lại đuổi đi” (theo sách Hoàng Lê nhất thống chí).
Hình ảnh Lễ tưởng niệm 210 năm ngày mất của Danh nhân Ngô Thì Nhậm tại Văn Miếu Quốc Tử Giám năm 2013.
Sách lược rút lui của Ngô Thì Nhậm đưa ra lúc này hoàn toàn phù hợp với ý của Quang Trung và tình hình thế cuộc khi đó. Chính sự sáng suốt này đã tạo điều kiện vô cùng quan trọng để Quang Trung đánh bại quân Thanh sau đó. Vua Quang Trung đánh giá rất cao sách lược này của Ngô Thì Nhậm. Quang Trung nói: "Vả lại, Bắc Hà mới yên, lòng người chưa phục. Thành Thăng Long bốn mặt đều là chiến trường, không có chỗ nào hiểm trở có thể giữ vững được. Các người đóng quân ở đấy, ngoài thì giặc Thanh xâm lấn, trong thì người Bắc làm nội ứng, các ngươi xoay xở làm sao được. Các người đem toàn quân tạm tránh mũi nhọn của giặc, trong thì khích lệ lòng căm thù của quân sĩ, ngoài thì tăng lòng kiêu căng của giặc. Đó là kế nhử giặc. Mới nghe ta đoán là kế của Ngô Thì Nhậm, đến khi hỏi Văn Tuyết thì quả nhiên là đúng" (Đại Nam chính biên liệt truyện - Sơ tập).
Sau khi quân Thanh bị đánh thua tan tác, vua Quang Trung rút về Phú Xuân, để Ngô Thì Nhậm ở ngoài Bắc và giao cho toàn quyền đảm đương công việc ngoại giao với nhà Thanh. Ngô Thì Nhậm lại phát huy óc sáng tạo của mình. Trong việc tiếp xúc với vua quan nhà Thanh cũng như trong việc giao dịch bằng thư từ, Ngô Thì Nhậm vừa cương quyết, vừa linh hoạt, vừa nêu cao chủ quyền dân tộc, vừa giữ tình hoà hiếu giữa hai nước. Ngô Thì Nhậm có hai lần làm chánh sứ sang giao thiệp với nhà Thanh; qua đó càng chứng tỏ ông là một nhà chiến lược, một nhà ngoại giao tài giỏi của vua Quang Trung.
Có một câu chuyện kể về Ngô Thì Nhậm như sau: năm 1789, vua Quang Trung(1752-92), trước khi đại thắng quân Thanh đã tuyên bố: "Chỉ trong vòng mười ngày nữa thế nào ta cũng quét sạch quân Thanh, nhưng nước Thanh lớn hơn ta gấp mười lần, bị thua tất lấy làm thẹn, chắc phải tìm cách rửa hờn. Nếu cứ binh lửa liên miên thật không phải hạnh phúc cho dân, lòng ta sao nỡ? Vì vậy, sau khi thắng trận phải khéo "dùng ngọn bút thay giáp binh" (lấy lời lẽ khéo léo để giảng hoà, đẩy lui quân địch). Việc ấy phi Ngô Thời Nhậm (1746-1803) không ai làm nổi. Đợi mươi năm sau, ta đủ thì giờ gây nuôi, nước giầu, dân mạnh thì ta có sợ gì nó? " .
Năm 1790 , vua Quang Trung đã giao cho Ngô Thì Nhậm giữ chức Binh bộ thượng thư. Tuy làm ở bộ Binh, nhưng Thì Nhậm chính là người chủ trì về các chính sách và giao dịch ngoại giao với Trung Hoa. Ông là người đứng đầu một trong những sứ bộ ngoại giao sang Trung Hoa .
Vua Quang Trung thành công một phần nhờ tài biết dùng người. Quả nhiên sau này khi cầm đầu phái bộ ta sang Trung Quốc, Ngô Thì Nhậm chứng tỏ Quang Trung không lầm người. Lúc tiến vào cửa Sứ quán, thấy hàng chữ đề "An Nam di sứ công quán" (Công quán của Sứ bộ xứ man di An Nam) Ngô Thì Nhậm không chịu vào, nói : "Ta không phải đại diện cho một xứ man di, nên không vào Sứ quán ấy". Quan nhà Thanh chữa rằng đối với Trung quốc thì tất cả đều là man di, mọi rợ hết, Ngô Thì Nhậm cười rằng: "Ngưu tầm ngưu, mã tầm mã (trâu tìm trâu nhập bọn, ngựa tìm ngựa nhập bọn). Phải chăng Đại quốc là mọi rợ khác?". Nhà Thanh đành phải sửa lại cái biển thành "Nam quốc Sứ quan Công quán", lúc đó Ngô Thì Nhậm mới chịu dẫn đoàn ngoại giao của ta bước vào.
Ngô Thì Nhậm làm quan dưới triều vua Quang Trung được 5 năm thì vua Quang Trung mất. Vị anh hùng kiệt xuất của dân tộc đã từ trần quá sớm. Đó là sự tổn thất không gì bù đắp được của nhân dân ta thời kỳ bấy giờ. Đó cũng là nỗi đau xót nhất của Ngô Thì Nhậm.
Vua mới còn ít tuổi, công việc quốc gia bị Bùi Đắc Tuyên, cậu ruột của vua nắm hết. Triều đình Tây Sơn ngày một suy vong. Ngô Thì Nhậm mặc dầu tuổi già, sức yếu vẫn cố gắng phục vụ triều Tây Sơn, vừa thương nhớ Quang Trung, vừa lo lắng cho vận mệnh của đất nước. Không có cách gì để thuyết phục vua Quang Toản nghe theo mình, ông đã rất đau buồn, suy nghĩ.
Ngô Thì Nhậm tìm tòi lối thoát trong triết học. Ông lập Thiền Viện Trúc Lâm ở phường Bích Câu và nghiên cứu Thiền học. Ông muốn đứng trên lập trường Nho giáo để nghiên cứu và tiếp thu Thiền Tông, phát huy mặt yêu nước, yêu dân tộc… của Trúc Lâm Yên Tử đời Trần. Những điều thể nghiệm của ông, những bài giảng của ông về triết lý Thiền Tông theo lập trường trên đây được ghi lại trong tác phẩm lớn cuối cùng của ông: “Trúc Lâm tông chỉ nguyên thanh”, hoàn thành 1796.
Trong tập này, Ngô Thì Nhậm đã phát huy cao hơn nữa tư tưởng của cha mình. Ngô Thì Sĩ, cha ông là Ngô Thì Sĩ ngày xưa cũng đã từng muốn thống nhất cả Khổng giáo, Phật giáo và Lão giáo vào một nguồn gốc (Tam giáo nhất nguyên). Hòa hợp đạo Phật và đạo Nho, Ngô Thì Nhậm đã trình bày những kiến thức rất uyên bác với những lý lẽ rất chặt chẽ của mình.
Điều đáng quý ở Ngô Thì Nhậm là trong giai đoạn suy vong của triều Tây Sơn, ông vẫn giữ nguyên vẹn một tấm lòng thủy chung son sắt, luôn luôn tìm mọi cách củng cố triều đại, phục vụ tổ quốc và nhân dân.
Trong tình hình phức tạp và suy thoái này của nhà Tây Sơn, Nguyễn Ánh sau khi chiếm lại miền Nam, đã kéo quân ra Bắc, tiêu diệt triều đại Tây Sơn. Nguyễn Ánh đã tiến hành cuộc trả thù man rợ. Nhiều võ tướng triều Tây Sơn như Trần Quang Diệu, Bùi Thị Xuân ... bị hành hình. Ngô Thì Nhậm, Phan Huy Ích, Nguyễn Thế Lịch và một số viên quan triều Tây Sơn thì bị đánh bằng roi tại Văn Miếu năm 1803. Ngô Thì Nhậm sau trận đánh đòn, về nhà vào ngày 9-3-1803 thì chết; hưởng thọ 57 tuổi. Sau đó trên văn bia tiến sĩ tại Văn Miếu Quốc Tử Giám, tên ông còn bị cho đục đi.
Tấm bia đá năm Cảnh Hưng thứ 36 tại Văn Miếu Quốc Tử Giám có tên của Ngô Thì Nhậm đã bị đục bỏ.
Về việc Ngô Thì Nhậm bị trả thù bằng việc đánh đòn ở Văn Miếu năm 1803, còn có câu chuyện rất sâu sắc. Tương truyền Ngô Thì Nhậm và Đặng Trần Thường có quen biết với nhau. Lúc Ngô Thì Nhậm được vua Quang Trung trọng dụng thì Đặng Trần Thường đến xin Nhậm tiến cử. Khi trông thấy vẻ khúm núm làm mất phong độ của kẻ sĩ, Ngô Thì Nhậm đã bảo Thường: “Ở đây cần dùng người vừa có tài vừa có hạnh, giúp vua cai trị nước. Còn muốn vào luồn ra cúi thì đi nơi khác”. Đặng Trần Thường hổ thẹn ra về, rồi vào <st1:country-region>Nam</st1:country-region> theo phò Nguyễn Phúc Ánh. Sau khi nhà Tây Sơn mất, các võ tướng và một số quan văn bị giải về Hà Nội để bị xử phạt đánh bằng roi ở Văn Miếu, trong số đó có Phan Huy Ích và Ngô Thì Nhậm. Chủ trì cuộc phạt đánh đòn đó lại là Đặng Trần Thường lúc này đang giữ chức Phó Tổng trấn Bắc Thành. Nhớ mối nhục năm xưa với Ngô Thì Nhậm, Đặng Trần Thường kiêu hãnh ra vế câu đối cho Ngô Thì Nhậm để muốn lấy lại sĩ diện cho mình, bèn đối: “Ai công hầu, ai khanh tướng, vòng trần ai, ai dễ biết ai “ (Vế đối hiểm hóc vì có 5 chữ ai và có chữ trần là tên đệm của Đặng Trần Thường). Rất nhanh, Ngô Thì Nhậm khảng khái đối lại : “Thế Chiến Quốc, thế Xuân Thu, gặp thời thế, thế thời phải thế “ (Vế đối lại cũng có 5 chữ thế, nói lên được hoàn cảnh và khí phách của người anh hùng. Và vế đối cũng có chữ thời là tên đệm của Ngô Thì (Thời) Nhiệm).
Hai câu đối nhau chan chát, đúng niêm luật và chữ nghĩa! Quả là lời lẽ và từ ngữ của bậc quốc sĩ, luôn hào khí ngất trời. Đặng Trần Thường bực lắm vì không làm nhục được Ngô Thì Nhậm bèn bắt ông phải sửa lại như câu nói "thế đành theo thế " (hay thế thời theo thế hoặc là thế thì phải thế). Nhưng không bao giờ Ngô Thì Nhậm chịu đổi lại vế đối của mình. Đặng Trần Thường tức giận sai người dùng roi tẩm thuốc độc đánh ông. Sau trận đòn về nhà, Phan Huy Ích không bị đánh bằng thuốc độc nên còn sống. Còn Ngô Thì Nhậm bị thuốc độc ngấm vào tạng phủ mà chết.
Nhà thờ Ngô Thì Nhậm tại làng Tả Thanh Oai, huyện Thanh Trì, Hà Nội.
Mấy chục năm trước đây, khi xây lại mộ ông, người ta phát hiện ra một bài thơ ngắn của Ngô Thì Nhậm được khắc trên một phiến đá nhỏ đặt trong mộ. Đây là một bài thơ thể hiện chí khí và cốt cách Danh sĩ Bắc hà của Ngô Thì Nhậm : Hằng tâm hà sa/ Vãng lai vũ trụ/ Bất dẫn bất tử/ Tầm thường ly tụ.
Tạm dịch:
(Tấm lòng trinh trắng có thể ví như cát của sông
Nó chu chuyển đi về trong vũ trụ này.
Nó không bao giờ hết, cũng không bao giờ chết.
Còn thân thể người ta khi "tụ" khi "ly" là chuyện bình thường)
Có thể nói, trong 57 năm cuộc đời, Ngô Thì Nhậm đã có 18 năm làm quan chức triều Lê - Trịnh và 15 năm đi theo phong trào Tây Sơn, đặc biệt là 5 năm gắn bó với anh hùng dân tộc Nguyễn Huệ - Quang Trung. Ông đã có nhiều đóng góp lớn lao vào sự nghiệp bảo vệ Tổ quốc, chống quân Thanh xâm lược và có nhiều công lao xuất sắc vào công cuộc bảo vệ, xây dựng đất nước dưới triều đại Quang Trung. Người đương thời thường khen ngợi gia đình ông “Họ Ngô một bồ tiến sĩ”. Không những gia đình đã từng đời đời đỗ đại khoa và nhận tước lộc cao của triều đình mà còn nổi tiếng về văn học, được mọi người tôn vinh với danh hiệu Ngô gia văn phái. Ngô Thì Nhậm không chỉ tự hào về truyền thống khung cảnh của gia đình mà trước hết ông nhấn mạnh đến phẩm chất đạo đức của dòng họ và quê hương ông. Ông từng viết “ở cái làng lễ nghĩa, sống trong xóm lễ nghĩa, cha anh theo nghiệp Nho, có lẽ nào con em lại đem kinh sách ra mà đào trộm mả người” (Ký tự mục đình). Trong suốt cả cuộc đời mình, Ngô Thì Nhậm đã hội tụ đầy đủ những phẩm chất của một người trí thức lỗi lạc; ông đã có những cống hiến rất lớn cho dân tộc trên mọi lĩnh vực: chính trị, quân sự, ngoại giao, triết học và văn học. Ông để lại một di sản văn chương đồ sộ gồm trên 600 bài thơ và 15 tác phẩm.
Lăng mộ danh nhân Ngô Thì Nhậm tại quê ông.
Trong cuốn sách "Chủ nghĩa Mác và Văn hóa Việt Nam”, đồng chí Trường Chinh – cố Tổng Bí thư Đảng CSVN đã xếp Ngô Thì Nhậm vào hàng ngũ những thiên tài mãi mãi là những ngôi sao sáng trên bầu trời Việt Nam làm vẻ vang cho giống nòi.
Hiện nay, Ngô Thì Nhậm được thờ ở Nhà thờ Ngô Thì Nhậm (trước đây còn gọi là đền Sùng Đức), làng Tả Thanh Oai, huyện Thanh Trì, Hà Nội. Theo bia Sùng Đức từ ký. Có niên đại Cảnh Thịnh thứ hai (năm 1794) thì đều do thân phụ của Ngô Thì Nhậm là Văn Dụ vương (tức Ngọ Phong công Ngô Thời Sĩ) xây năm Bính Tuất đời Cảnh Hưng (1766), sau khi ông thi đậu Hoàng giáp. Trong nhà thờ còn lưu giữ được chân dung Ngô Thì Nhậm, Ngô Thì Sĩ và một số đồ dùng của Ngô Thì Nhậm.